Honjo situa-se no norte da província de Saitama, nos corredores ferroviários da JR East que ligam a área de Tóquio a Takasaki e à província de Niigata. A cidade tem duas principais estações de passageiros: a Estação de Honjo, na linha convencional Takasaki, e a Estação Honjo-Waseda, no Joetsu Shinkansen. Isto dá a Honjo acesso regional por Saitama e Gunma e acesso ferroviário de alta velocidade no eixo Tóquio - Niigata.
Os comboios de Honjo incluem serviços da JR East na linha Takasaki, com origem na Estação de Honjo, e serviços do Joetsu Shinkansen, com paragem na Estação Honjo-Waseda. A linha convencional é utilizada para serviços locais e rápidos em direção à área de Tóquio e Takasaki, enquanto a estação Shinkansen assegura serviços de longa distância com lugar reservado em alguns comboios Toki e Tanigawa. Honjo não tem ligação ferroviária direta a aeroportos, pelo que as viagens para aeroportos exigem transbordo através de estações maiores da área de Tóquio.
As rotas ferroviárias a partir de Honjo seguem para sudeste em direção a Omiya, Ueno, Tóquio e ligações na área de Yokohama, para noroeste em direção a Takasaki e aos transbordos na área de Maebashi, e para norte no corredor Shinkansen em direção a Echigo-Yuzawa e Niigata. Reserve online os comboios de e para Honjo na Rail Monsters.