Joetsu é um entroncamento ferroviário no sudoeste da Província de Niigata, situado entre o corredor do Hokuriku Shinkansen e as linhas convencionais ao longo da costa do Mar do Japão. A cidade tem duas principais estações de passageiros para viagens intermunicipais: a Estação de Joetsumyoko para serviços de comboio-bala e a Estação de Naoetsu para comboios regionais e expresso limitado. A JR East, a JR West, a Echigo Tokimeki Railway e a Hokuetsu Express servem todas a área de Joetsu.
A Estação de Joetsumyoko é a paragem de comboio-bala da cidade, utilizada pelos serviços Hokuriku Shinkansen que seguem para leste em direção a Nagano e Tóquio e para oeste em direção a Toyama, Kanazawa e Tsuruga. A Estação de Naoetsu trata das rotas regionais na rede da Echigo Tokimeki Railway, dos serviços expresso limitado da JR East em direção a Niigata e dos comboios Hokuetsu Express através do interior de Niigata.
As rotas ferroviárias a partir de Joetsu seguem para sul e leste em direção a Nagano, Takasaki, Omiya e Tóquio, para oeste ao longo do corredor Hokuriku em direção a Toyama e Kanazawa, para norte em direção a Kashiwazaki e Niigata, e ao longo da linha costeira em direção a Itoigawa. Reserve online comboios de e para Joetsu na Rail Monsters.