Kikonai é uma paragem ferroviária importante no sul de Hokkaido, situada entre o corredor do Túnel Seikan e a área de Hakodate. A cidade tem um principal centro ferroviário de passageiros, a Estação Kikonai, servida pela JR Hokkaido no Hokkaido Shinkansen e pela South Hokkaido Railway na linha Isaribi. Isto faz de Kikonai um dos poucos locais em Hokkaido onde os comboios Shinkansen e os serviços ferroviários locais costeiros se encontram.
Os serviços a partir de Kikonai incluem os comboios Shinkansen Hayabusa e Hayate na rota que liga Hokkaido ao norte de Honshu, além de comboios locais da linha Isaribi em direção a Goryokaku e Hakodate. A Estação Kikonai é a estação utilizada tanto para serviços de longa distância com lugar reservado como para viagens regionais pela área sul de Oshima.
As rotas ferroviárias a partir de Kikonai seguem para norte em direção a Shin-Hakodate-Hokuto e à rede mais vasta de Hokkaido, para sul através do Túnel Seikan em direção a Shin-Aomori, Morioka, Sendai e Tóquio, e para leste ao longo da linha Isaribi em direção a Hakodate. Reserve comboios de e para Kikonai online na Rail Monsters.