Kumamoto é um importante centro ferroviário no centro de Kyushu, situado entre Fukuoka e Kagoshima na linha Kyushu Shinkansen. A cidade tem uma principal estação de comboios de longo curso, a Estação Kumamoto, com paragens regionais de apoio como Kami-Kumamoto e Shin-Suizenji. A JR Kyushu é a principal operadora, assegurando serviços Shinkansen, limited express e locais pela cidade.
Os comboios de Kumamoto incluem serviços Kyushu Shinkansen no corredor de alta velocidade norte-sul, serviços limited express da JR Kyushu em direção à zona de Aso e comboios regionais por toda a Prefeitura de Kumamoto. A Estação Kumamoto é a principal estação de comboios para bilhetes interurbanos, enquanto Kami-Kumamoto e Shin-Suizenji tratam dos movimentos locais e regionais dentro da rede ferroviária urbana.
As rotas ferroviárias de Kumamoto seguem para norte em direção a Hakata, Kurume e Shin-Tosu, para sul em direção a Kagoshima-Chuo, para leste em direção a Aso e à Prefeitura de Oita, e prosseguem para Honshu através de serviços Shinkansen diretos ou de ligação para Hiroshima e Shin-Osaka. Reserve online comboios de e para Kumamoto na Rail Monsters.