Maibara é um importante entroncamento ferroviário no leste da Prefeitura de Shiga, situado entre os corredores ferroviários de Kansai, Chubu e Hokuriku. A cidade centra-se na Estação de Maibara, onde os serviços do Shinkansen da JR Central se cruzam com as linhas ferroviárias convencionais da JR West e com a Linha Principal da Ohmi Railway. Isto faz de Maibara um intercambiador importante, e não uma grande cidade terminal.
Os serviços ferroviários de Maibara incluem comboios Tokaido Shinkansen no corredor Tóquio - Nagoya - Kyoto - Osaka, comboios regionais da JR West na Biwako Line e na Hokuriku Main Line, e serviços expresso limitados na rede convencional para o norte de Shiga e a Prefeitura de Fukui. A Estação de Maibara é também o ponto de acesso ferroviário local para os comboios da Ohmi Railway que servem as comunidades a leste do Lago Biwa.
Os comboios de Maibara seguem para oeste em direção a Kyoto, Osaka e Kobe, para leste em direção a Nagoya e Tóquio, para norte em direção a Nagahama, Tsuruga e à região de Hokuriku, e para sul através da rede da Ohmi Railway em direção a Hikone e às localidades de Shiga. Os viajantes que compram bilhetes de comboio para Maibara devem verificar cuidadosamente a estação, porque aqui são comuns as transferências entre o Shinkansen e os serviços regionais. Reserve comboios de e para Maibara online na Rail Monsters.