Minamata é um importante nó ferroviário no sul da Prefeitura de Kumamoto, na costa oeste de Kyushu. A cidade tem duas estações principais de passageiros: a Estação Shin-Minamata para o Kyushu Shinkansen e a Estação Minamata para os serviços regionais da Hisatsu Orange Railway. A JR Kyushu e a Hisatsu Orange Railway ligam Minamata à rede ferroviária mais ampla de Kyushu.
Os comboios de Minamata incluem serviços JR Kyushu Shinkansen em Shin-Minamata, dando à cidade acesso direto ao corredor de alta velocidade entre Fukuoka, Kumamoto e Kagoshima. Os comboios da Hisatsu Orange Railway utilizam a Estação Minamata e também param em Shin-Minamata, ligando comunidades costeiras entre Yatsushiro e Satsumasendai. As deslocações locais entre a Estação Minamata e Shin-Minamata são asseguradas pela mesma linha regional.
As rotas ferroviárias de Minamata seguem para norte em direção a Yatsushiro, Kumamoto e Hakata, e para sul em direção a Izumi, Sendai e Kagoshima-Chuo. Os comboios regionais percorrem a costa através de localidades nas prefeituras de Kumamoto e Kagoshima, enquanto os serviços de comboio-bala ligam Minamata às principais cidades de Kyushu. Reserve online comboios de e para Minamata na Rail Monsters.