Nagaoka é um importante entroncamento ferroviário no centro da Prefeitura de Niigata, situado entre o corredor de Tóquio, a costa do Mar do Japão e as linhas regionais que atravessam o interior de Niigata. A cidade tem uma principal estação de comboios de passageiros, a Estação Nagaoka, servida pela JR East. O seu papel ferroviário específico resulta da ligação entre a Joetsu Shinkansen, a Linha Principal Shinetsu e a Linha Joetsu.
Os comboios de Nagaoka incluem serviços de shinkansen Joetsu Shinkansen, comboios regionais na Linha Principal Shinetsu e serviços locais da Linha Joetsu em direção a localidades de montanha e vale. A Estação Nagaoka trata de bilhetes de comboio de longa distância e regionais, com serviços de shinkansen a utilizar o eixo Tóquio - Niigata e comboios convencionais a servir cidades próximas na Prefeitura de Niigata.
As rotas ferroviárias a partir de Nagaoka seguem para sul em direção a Echigo-Yuzawa, Takasaki, Ueno e Tóquio, para norte em direção a Niigata, para oeste em direção a Kashiwazaki e Naoetsu, no lado do Mar do Japão, e para o interior em direção a Ojiya e Tokamachi através de ligações regionais. Reserve online comboios de e para Nagaoka na Rail Monsters.