Saitama é um dos mais importantes centros ferroviários da Grande Área de Tóquio, situado imediatamente a norte de Tóquio nos principais corredores da JR East para o norte e o centro do Japão. A cidade tem várias estações de passageiros, com a Estação Omiya a funcionar como a principal estação de comboios de longa distância e um dos pontos de transbordo mais movimentados da rede da JR East.
Os comboios de Saitama incluem serviços Shinkansen nos corredores Tohoku, Joetsu, Hokuriku, Yamagata e Akita, além de comboios locais e rápidos da JR East que ligam a cidade a Tóquio, Ueno, Shinjuku e às prefeituras circundantes. Omiya também faz ligação com os serviços da Tobu Railway na linha Tobu Urban Park, enquanto alguns serviços Narita Express fornecem uma ligação ferroviária ao aeroporto de Narita Airport.
As rotas ferroviárias a partir de Saitama seguem para sul em direção ao centro de Tóquio e Yokohama, para norte em direção a Utsunomiya, Sendai e Morioka, para noroeste em direção a Takasaki e Niigata, e para oeste em direção a Nagano, Toyama e Kanazawa. Reserve online comboios de e para Saitama na Rail Monsters.