Shinagawa é um dos principais centros ferroviários de Tóquio, situado no lado sul da rede ferroviária central da capital. A zona está centrada na Estação de Shinagawa, uma paragem-chave para o Tokaido Shinkansen e um intercâmbio para os serviços da JR East e da Keikyu. O seu papel ferroviário é definido pelo acesso de longa distância para oeste a partir de Tóquio e pelo acesso ao aeroporto em direção a Haneda.
Os serviços a partir de Shinagawa incluem os serviços de comboio-bala da JR Central no Tokaido Shinkansen, os comboios urbanos e regionais da JR East em linhas como a Yamanote Line, a Keihin-Tohoku Line, a Tokaido Line, a Yokosuka Line, e os comboios da Keikyu em direção ao aeroporto e à costa de Kanagawa. A Estação de Shinagawa é a principal estação ferroviária para bilhetes de comboio que envolvam viagens de longa distância no Shinkansen, enquanto a próxima Takanawa Gateway serve os serviços locais da JR East dentro de Tóquio.
As rotas ferroviárias a partir de Shinagawa seguem para oeste em direção a Nagoya, Kyoto, Osaka e Hiroshima através dos corredores do Tokaido e Sanyo Shinkansen, para sul em direção a Yokohama e Kamakura nas linhas da JR East, e para sudeste em direção ao Aeroporto de Haneda na Keikyu. Reserve comboios de e para Shinagawa online na Rail Monsters.