Shinjo é um entroncamento ferroviário no norte da Prefeitura de Yamagata e o terminal norte do Yamagata Shinkansen. A cidade tem uma principal estação de passageiros, a Shinjo Station, servida pela JR East. O seu papel ferroviário é definido pelo ponto de encontro dos serviços Tsubasa, em padrão Shinkansen, da Linha Principal Ou, e das linhas regionais em todo o interior de Tohoku.
Os serviços de comboio de Shinjo incluem comboios Tsubasa que circulam no corredor do Yamagata Shinkansen, comboios regionais da Linha Principal Ou para sul através da Prefeitura de Yamagata e para norte em direção à Prefeitura de Akita, e serviços locais na Linha Rikuu East. A Shinjo Station gere tanto serviços de longo curso com reserva de lugares como comboios locais, tornando-se a principal estação de comboio para bilhetes de comboio na área de Mogami.
As rotas ferroviárias a partir de Shinjo seguem para sul em direção a Yamagata, Fukushima, Utsunomiya e Tóquio, para norte em direção a Yuzawa e Akita, e para leste em direção a Naruko-Onsen e Furukawa para ligações em Tohoku. Os comboios para Shinjo também servem comunidades locais em todo o norte de Yamagata. Reserve online comboios de e para Shinjo na Rail Monsters.