Tóquio serve como um centro importante para a viagem ferroviária no Japão, ligando-se a destinos chave por todo o país. A rota de Tóquio a Osaka, cobrindo aproximadamente 515 quilómetros, é uma das mais movimentadas e leva cerca de 2,5 horas via o comboio-bala Shinkansen. Outra viagem popular é de Tóquio a Quioto, que abrange cerca de 450 quilómetros e leva aproximadamente 2 horas e 15 minutos. A linha de Tóquio a Nagoya cobre cerca de 350 quilómetros com um tempo de viagem de cerca de 1 hora e 40 minutos. O serviço para Sendai, aproximadamente a 350 quilómetros de distância, leva cerca de 1 hora e 30 minutos, enquanto a rota para Hiroshima, cobrindo quase 800 quilómetros, leva cerca de 4 horas. Para viajantes internacionais, o Narita Express oferece acesso direto ao Aeroporto de Narita, com um tempo de viagem de cerca de 1 hora a partir de Tóquio.