Yakumo situa-se na Linha Principal Hakodate, no sul de Hokkaido, entre a área de Sapporo e o corredor ferroviário de Hakodate. A cidade tem uma principal estação ferroviária de passageiros, a Estação Yakumo, servida pela JR Hokkaido. O seu papel ferroviário é regional, mas importante para os viajantes que se deslocam entre a costa sul de Hokkaido e o eixo ferroviário central da ilha.
Os serviços a partir de Yakumo incluem os comboios Limited Express Hokuto da JR Hokkaido e os serviços locais da Linha Principal Hakodate. A Estação Yakumo é a principal estação ferroviária para os comboios de Yakumo, com serviços expressos limitados com lugares reservados que ligam a cidade às principais estações interurbanas de Hokkaido e comboios locais que servem as comunidades próximas na mesma linha. Os comboios Shinkansen de alta velocidade não servem Yakumo diretamente; os passageiros utilizam Shin-Hakodate-Hokuto para ligações Shinkansen.
As rotas ferroviárias a partir de Yakumo seguem para norte em direção a Oshamambe, Toya, Noboribetsu e Sapporo, e para sul em direção a Mori, Shin-Hakodate-Hokuto, Goryokaku e Hakodate. Os bilhetes de comboio para Yakumo são mais relevantes para viagens interurbanas dentro de Hokkaido e para transferências para o Hokkaido Shinkansen em Shin-Hakodate-Hokuto. Reserve online os comboios de e para Yakumo na Rail Monsters.