Fundão situa-se na Linha da Beira Baixa, o corredor ferroviário do interior que liga a região de Lisboa a Castelo Branco, Covilhã e Guarda. A cidade tem uma principal estação de comboios de passageiros, Fundão, e os serviços são operados pela Comboios de Portugal, geralmente conhecida como CP. Fundão funciona como um ponto ferroviário regional para a Cova da Beira e como paragem intermédia em serviços de longo curso pelo interior.
Os comboios de Fundão incluem serviços de longo curso CP Intercidades e comboios CP Regionais. Os comboios Intercidades ligam Fundão à rede ferroviária nacional através de Lisboa Oriente, Lisboa Santa Apolónia e outros pontos de correspondência. Os comboios Regionais apoiam viagens mais curtas ao longo da Linha da Beira Baixa, utilizando a estação de Fundão para deslocações entre localidades do interior próximas e grandes nós ferroviários.
As rotas ferroviárias a partir de Fundão seguem para sudoeste em direção a Castelo Branco, Entroncamento e Lisboa, para norte em direção a Covilhã e Guarda, e prosseguem, por ligação, para Coimbra, Porto e outras cidades portuguesas. Destinos importantes para bilhetes de comboio incluem Lisboa, Castelo Branco, Covilhã, Guarda, Entroncamento e Coimbra. Reserve online os comboios de e para Fundão na Rail Monsters.