Lisboa é o principal centro ferroviário de Portugal e o ponto de apoio sul do principal corredor de passageiros norte-sul do país. A cidade tem várias estações de comboio importantes, com Lisboa Oriente e Santa Apolónia a assegurarem a maioria dos serviços de longa distância da CP. A Fertagus também serve a área de Lisboa em ligações suburbanas trans-Tajo em direção à Península de Setúbal.
Os comboios de Lisboa incluem serviços Alfa Pendular, de estilo alta velocidade, na linha principal para o norte de Portugal e o Algarve, comboios Intercidades para viagens domésticas de longa distância, serviços regionais e suburbanos da CP na área metropolitana de Lisboa, e comboios Fertagus através da ponte ferroviária 25 de Abril. Lisboa Oriente é o principal intercambiador moderno para os serviços nacionais, enquanto Santa Apolónia continua a ser um importante terminal central para chegadas e partidas de longa distância.
As ligações ferroviárias a partir de Lisboa seguem para norte em direção a Coimbra, Aveiro, Porto, Braga e Guimarães, para sul em direção a Faro e ao Algarve, para leste em direção a Évora e atravessam o Tejo em direção a Setúbal. Entre os destinos domésticos populares contam-se Porto, Coimbra, Faro, Évora, Braga e Setúbal. Reserve online comboios de e para Lisboa na Rail Monsters.