Afyonkarahisar é um importante entroncamento ferroviário convencional no oeste da Turquia, localizado no ponto onde as rotas da Anatólia Central se encontram com as linhas em direção ao Egeu e ao sudoeste. A cidade é servida principalmente pela Estação Afyon Ali Cetinkaya, com comboios de passageiros operados pela TCDD Tasimacilik. O seu papel ferroviário é definido por ligações interurbanas, e não por um serviço ferroviário de alta velocidade atualmente.
Os comboios de Afyonkarahisar incluem serviços de longa distância com nome, como o Izmir Blue Train e o Pamukkale Express, bem como ligações de estilo regional em linhas convencionais. Afyon Ali Cetinkaya é a principal estação de comboios para partidas e chegadas interurbanas, servindo rotas que percorrem os corredores de Ankara, Izmir, Eskisehir, Denizli e Konya.
As rotas ferroviárias a partir de Afyonkarahisar seguem para nordeste em direção a Ankara e à Anatólia Central, para oeste em direção a Izmir e ao Egeu, para noroeste em direção a Eskisehir, para sul em direção a Denizli e para sudeste em direção a Konya. As principais cidades de destino incluem Ankara, Izmir, Eskisehir, Denizli, Konya e Kutahya. Reserve online comboios de e para Afyonkarahisar na Rail Monsters.