Аннесі — це важливий залізничний вузол у Верхній Савої, розташований між Французькими Альпами, долиною Рони та районом Женеви. У місті є одна головна пасажирська залізнична станція — станція Аннесі, а також додаткові місцеві зупинки в ширшій міській зоні. SNCF Voyageurs забезпечує основні залізничні перевезення у Франції, а Leman Express поєднує Аннесі з транскордонною залізничною мережею навколо Женеви.
Поїзди з Аннесі включають рейси TGV INOUI на паризькому напрямку, регіональні поїзди TER Auvergne-Rhone-Alpes по сходу Франції та рейси Leman Express у бік швейцарського кордону. Станція Аннесі є головною залізничною станцією для далекомагістральних, регіональних і транскордонних відправлень, тож більшість квитків на поїзд для міста використовують саме цю станцію як пункт відправлення або призначення.
Залізничні маршрути з Аннесі прямують на північний захід до Парижа та національної високошвидкісної мережі, на південний захід до Ліона та долини Рони, на південь до Шамбері та Гренобля, а також на північний схід до Женеви, Аннемасса та мережі Leman Express. Бронюйте поїзди з Аннесі та до Аннесі онлайн на Rail Monsters.