Байонна — ключовий залізничний вузол на південному заході Франції, розташований на атлантичному коридорі між Бордо, Баскським узбережжям і іспанським кордоном. У місті є один головний пасажирський вокзал, Gare de Bayonne, і його обслуговує SNCF Voyageurs через сервіси TGV INOUI, TER Nouvelle-Aquitaine та Intercites de nuit.
Поїзди з Байонни включають швидкісні сервіси TGV INOUI у напрямку Парижа, регіональні сервіси TER уздовж ліній Адур і Баскського узбережжя, а також нічні поїзди на окремих далеких рейсах. Gare de Bayonne є головним залізничним вокзалом як для далекого, так і для регіонального сполучення, з пересадками у бік прибережних містечок, внутрішніх маршрутів Піренеїв і головної лінії Бордо.
Залізничні маршрути з Байонни прямують на північ до Дакса, Бордо та Парижа, на південь до Біарріца, Сен-Жан-де-Люз і Андай, а на схід до По, Лурда та Тулузи. Транскордонні залізничні поїздки до Іспанії зазвичай здійснюються через Андай як пункт пересадки. Бронюйте поїзди з Байонни та до Байонни онлайн на Rail Monsters.