Діжон — важливий залізничний вузол на сході Франції, розташований між високошвидкісним коридором Париж–Ліон і регіональними лініями по всій Бургундії-Франш-Конте. У місті є дві пасажирські станції, причому Dijon-Ville виконує роль головного вокзалу для далекого та регіонального сполучення. SNCF Voyageurs обслуговує більшість поїздів із Діжона, тоді як окремі рейси TGV Lyria з'єднують місто зі Швейцарією.
Залізничні сполучення з Діжона включають високошвидкісні поїзди TGV INOUI, регіональні поїзди TER Bourgogne-Franche-Comte та транскордонні високошвидкісні рейси на коридорі Париж—Швейцарія. Dijon-Ville обслуговує основні міжміські потоки, тоді як Dijon Porte Neuve — це переважно регіональна зупинка на східному боці міста. Окремого залізничного сполучення з аеропортом із Діжона немає, тому для далеких трансферів до аеропорту зазвичай використовують Париж або Ліон.
Залізничні маршрути з Діжона прямують на північний захід до Парижа, на південь до Ліона та долини Рони, на схід до Безансона і Швейцарії, а також через Бургундію до Бона, Шалон-сюр-Сон і Макона. Бронюйте поїзди до та з Діжона онлайн на Rail Monsters.