Джакарта слугує центральною точкою залізничного транспорту в Індонезії, маючи кілька ключових станцій, які з'єднують столицю з різними регіонами. Головна станція Джакарти - це станція Гамбір, яка є основним хабом для поїздів далекого сполучення, що надає послуги до таких напрямків як Бандунг, Семаранг та Чіребон. Інша значна станція - Пасар Сенен, яка в основному обслуговує економ-клас та з'єднує такі міста, як Йог’якарта і Соло. Комутаторна лінія, що експлуатується KAI Commuter, курсує з Джакарти до прилеглих територій, полегшуючи подорожі до Бекасі, Тангеранг та Богору. Залізнична інфраструктура Джакарти підтримує як міжміське, так і місцеве сполучення, що робить її важливим вузлом в індонезійській залізничній мережі.