Болонья має кілька залізничних станцій, які з'єднують місто з різними напрямками по всій Італії та за її межами. Станція Болонья Чентрале є головним вузлом, розташованим у історичному центрі, і пропонує швидкісні потяги до міст, таких як Мілан, Флоренція та Рим, а також регіональні сполучення. Поруч, у районі Болоніна, знаходиться Болонья Рімессе, менша станція, що в основному обслуговує регіональні поїзди. Станція аеропорту Марконі розташована приблизно за 6 кілометрів від центру міста і забезпечує перевезення до та з аеропорту Болонья Гульєльмо Марконі, полегшуючи подорожі для тих, хто прямує до міжнародних напрямків.