Фудзі — це регіональний залізничний вузол на сході префектури Сідзуока, розташований на коридорі Токайдо між Токіо, Сідзуокою, Нагоєю та Осакою. У місті є дві основні пасажирські станції для міжміських поїздок: станція Shin-Fuji на лінії Tokaido Shinkansen та станція Fuji на звичайних лініях JR Central. Shin-Fuji — одна з небагатьох станцій Shinkansen у Японії, яка не має прямого залізничного сполучення зі звичайною станцією JR, тому мандрівникам слід перевіряти, яка саме станція Fuji зазначена в їхньому квитку.
JR Central обслуговує основні потяги з Фудзі. Потяги Kodama Shinkansen зупиняються на Shin-Fuji для швидкісних поїздок лінією Tokaido Shinkansen, тоді як станція Fuji обслуговує регіональні поїзди Tokaido Main Line та лінію Minobu Line на північ через внутрішні райони Сідзуоки й префектури Яманасі. Пересадка між станціями Shin-Fuji та Fuji Station здійснюється місцевим автобусом, таксі або автомобільним трансфером, а не прямим залізничним сполученням.
Залізничні маршрути з Фудзі прямують на схід до Місіми, Атамі, Йокогами та Токіо, на захід до Сідзуоки, Хамамацу, Нагої та Осаки, а на північ до Фудзіномії, Мінуто та Кофу лінією Minobu Line. Бронюйте поїзди з Фудзі та до Фудзі онлайн на Rail Monsters.