Хакодате — головний залізничний вузол південного Хоккайдо, розташований на південному краю острова поблизу залізничного коридору Сейкан до Хонсю. У місті є кілька зручних пасажирських станцій, серед яких Hakodate Station для звичайних поїздів і розташована неподалік Shin-Hakodate-Hokuto Station для рейсів Hokkaido Shinkansen. JR Hokkaido є головним оператором, а Donan Isaribi Railway обслуговує прибережну лінію в напрямку Kikonai.
Поїзди з Хакодате включають рейси Limited Express Hokuto по всьому Хоккайдо, місцеві поїзди JR Hokkaido в районі Ошіми, сполучення Hakodate Liner до станції Shinkansen та регіональні рейси Donan Isaribi Railway. Shin-Hakodate-Hokuto є точкою доступу до швидкісної залізниці для Хакодате, тоді як Hakodate Station залишається головною залізничною станцією міського центру.
Залізничні маршрути з Хакодате прямують на північ до Onuma-Koen, Mori, Oshamambe та Sapporo, на схід через південний Хоккайдо і на південь через Kikonai та тунель Сейкан до Aomori, Sendai та Tokyo. Забронюйте поїзди з Хакодате та до Хакодате онлайн на Rail Monsters.