Ханамакі розташований у центральній частині префектури Івате в мережі JR East, де доступ до Сінкансен поєднується з регіональною залізницею в напрямку внутрішньої частини Тохоку та узбережжя Санріку. У місті є дві основні пасажирські станції: Шін-Ханамакі для Тохоку Сінкансен і лінії Камаісі, а також станція Ханамакі для звичайних регіональних поїздів. Це робить Ханамакі зручним пересадковим пунктом між швидкісними поїздами та місцевими рейсами на півночі Хонсю.
Поїзди з Ханамакі включають рейси JR East Тохоку Сінкансен на станції Шін-Ханамакі, регіональні поїзди на лінії Тохоку Хонсен на станції Ханамакі та рейси лінії Камаісі, що з’єднують дві станції Ханамакі з містами всередині префектури та узбережжям Івате з боку Тихого океану. Дві станції розташовані окремо, тож пасажирам, які пересаджуються між Сінкансен і звичайною залізницею, слід перевіряти, яка саме станція Ханамакі вказана в квитку.
Залізничні маршрути з Ханамакі прямують на південь до Кітакамі, Ічіносекі, Сендая та Токіо, на північ до Моріоки та сполучень з Аоморі, а також на схід по лінії Камаісі до Тоно і Камаісі. Забронювати поїзди з Ханамакі та до Ханамакі онлайн можна на Rail Monsters.