Hokuto — ключовий залізничний вузол на півдні Хоккайдо, оскільки станція Shin-Hakodate-Hokuto є північною кінцевою станцією Хоккайдо Сінкансен. У місті є одна головна далека станція та кілька регіональних зупинок, а JR Hokkaido, JR East і Donan Isaribi Railway працюють на різних ділянках мережі.
З Hokuto курсують поїзди Hokkaido Shinkansen Hayabusa та Hayate, обмежені експреси JR Hokkaido у напрямку коридору Саппоро, місцеві поїзди лінії JR Hakodate Main Line, а також регіональні поїзди Donan Isaribi Railway уздовж узбережжя в напрямку Kikonai та Hakodate. Shin-Hakodate-Hokuto є головною станцією для квитків на далекі поїздки, тоді як Kamiiso та Kiyokawaguchi обслуговують місцеві прибережні подорожі.
Залізничні маршрути з Hokuto йдуть на південь через тунель Сейкан до Shin-Aomori, Sendai та Tokyo, на північ через Хоккайдо до Sapporo, і на захід уздовж узбережжя до Kikonai. Поблизу Hakodate пов'язаний місцевими та обмеженими експресами JR зі станції Shin-Hakodate-Hokuto. Бронюйте поїзди з Hokuto та до Hokuto онлайн на Rail Monsters.