Кіконай — важлива залізнична зупинка на півдні Хоккайдо, розташована між коридором Сейканського тунелю та районом Хакодате. У місті є один головний пасажирський залізничний вузол — станція Кіконай, яку обслуговує JR Hokkaido на лінії Хоккайдо Сінкансен і South Hokkaido Railway на лінії Ісарібі. Це робить Кіконай одним із небагатьох місць на Хоккайдо, де зустрічаються поїзди Сінкансен і місцеві прибережні залізничні рейси.
Із Кіконай курсують поїзди Сінкансен Hayabusa та Hayate за маршрутом, що з'єднує Хоккайдо з північним Хонсю, а також місцеві поїзди лінії Ісарібі в напрямку Гороюкаку та Хакодате. Станція Кіконай — це станція, яку використовують і для далеких рейсів із зарезервованими місцями, і для регіональних подорожей південною частиною району Осіма.
Залізничні маршрути з Кіконай прямують на північ до Сін-Хакодате-Хокото та ширшої залізничної мережі Хоккайдо, на південь через Сейканський тунель до Сін-Аоморі, Моріоки, Сендаї та Токіо, а на схід уздовж лінії Ісарібі до Хакодате. Бронюйте поїзди з Кіконай і до Кіконай онлайн на Rail Monsters.