Кіото розташоване на найжвавішій у Японії залізничній осі схід–захід, між коридором Токіо–Нагоя та регіоном Осака–Кобе. У місті є одна домінуюча далекого сполучення залізнична станція — Kyoto Station, яку підтримують кілька регіональних станцій, зокрема Yamashina, Nijo та Saga-Arashiyama. JR Central обслуговує Tokaido Shinkansen у Кіото, тоді як JR West і Kintetsu Railway забезпечують багато регіональних та міжміських рейсів.
Поїзди з Кіото включають високошвидкісні рейси Tokaido Shinkansen, експреси та місцеві поїзди JR West, сполучення Kintetsu у напрямку Нари та центрального Кансая, а також експрес Haruka JR West до аеропорту Kansai International Airport. Kyoto Station є головною залізничною станцією для швидкісних поїздів, аеропортових рейсів і більшості квитків на далекі відстані.
Залізничні маршрути з Кіото прямують на схід до Нагої та Токіо, на захід до Shin-Osaka, Кобе, Хіросіми та Хакати, на південь до Нари, а також через Кансай до Осаки та Kansai Airport. Регіональні поїзди JR West також сполучають Кіото з префектурою Сіґа, озером Біва та напрямком Сан'ін. Бронюйте поїзди з Кіото та до Кіото онлайн на Rail Monsters.