Мінаматa — це залізничний вузол у південній частині префектури Кумамото на західному узбережжі Кюсю. У місті є дві основні пасажирські станції: станція Shin-Minamata для лінії Kyushu Shinkansen і станція Minamata для регіональних рейсів Hisatsu Orange Railway. JR Kyushu та Hisatsu Orange Railway з'єднують Мінамату з ширшою залізничною мережею Кюсю.
Потяги з Мінамати включають рейси JR Kyushu Shinkansen на Shin-Minamata, що забезпечує місту прямий доступ до швидкісного коридору між Фукуокою, Кумамото та Кагосімою. Потяги Hisatsu Orange Railway використовують станцію Minamata і також зупиняються на Shin-Minamata, з'єднуючи прибережні громади між Яцусіро та Сацумасендай. Місцеві поїздки між станціями Minamata та Shin-Minamata обслуговуються тією самою регіональною лінією.
Залізничні маршрути з Мінамати прямують на північ до Яцусіро, Кумамото та Хакати, а на південь — до Ізумі, Сендая та Кагосіма-Тюо. Регіональні потяги йдуть уздовж узбережжя через міста в префектурах Кумамото та Кагосіма, тоді як швидкісні поїзди з'єднують Мінамату з основними містами Кюсю. Бронюйте поїзди з Мінамати та до Мінамати онлайн на Rail Monsters.