Наґаока — важливий залізничний вузол у центральній частині префектури Ніігата, розташований між коридором Tokyo, узбережжям Японського моря та регіональними лініями через внутрішні райони Ніігати. У місті є одна головна пасажирська залізнична станція — Nagaoka Station, яку обслуговує JR East. Її особлива роль у залізничній мережі зумовлена перетином ліній Joetsu Shinkansen, Shinetsu Main Line та Joetsu Line.
Потяги з Наґаоки включають швидкісні послуги Joetsu Shinkansen, регіональні поїзди на Shinetsu Main Line та місцеві рейси Joetsu Line у напрямку гірських і долинних містечок. Nagaoka Station обслуговує як квитки на далекі, так і на регіональні поїзди, а послуги shinkansen використовують вісь Tokyo - Niigata, тоді як звичайні поїзди курсують до міст поблизу в префектурі Ніігата.
Залізничні маршрути з Наґаоки прямують на південь до Echigo-Yuzawa, Takasaki, Ueno та Tokyo, на північ до Niigata, на захід до Kashiwazaki та Naoetsu з боку Японського моря, а також углиб материка до Ojiya і Tokamachi через регіональні сполучення. Бронюйте поїзди до Наґаоки та з Наґаоки онлайн на Rail Monsters.