Nan'yo розташоване на півдні префектури Ямагата на коридорі Yamagata Shinkansen, що забезпечує місту прямий залізничний доступ до району Токіо та основних зупинок по всьому внутрішньому Тохоку. У місті є одна основна далека залізнична станція — Akayu Station, і його обслуговують JR East та Yamagata Railway. Akayu є ключовою станцією для квитків на потяг, пов’язаних із Nan'yo та навколишнім районом Окітама.
JR East експлуатує сервіси Yamagata Shinkansen Tsubasa та звичайні поїзди Ou Main Line через Akayu Station. Yamagata Railway експлуатує Flower Nagai Line від Akayu у напрямку місцевих громад у західній частині регіону Окітама. У Nan'yo немає спеціального залізничного сполучення з аеропортом, тому пасажири зазвичай здійснюють пересадку через Yamagata або інші регіональні транспортні вузли для доступу до аеропорту.
Залізничні маршрути з Nan'yo прямують на південь до Yonezawa, Fukushima, Koriyama та Tokyo, на північ до Kaminoyama-Onsen, Yamagata та Shinjo, а на захід по Flower Nagai Line до Miyauchi, Nagai та Arato. Бронюйте потяги до Nan'yo та з Nan'yo онлайн на Rail Monsters.