Шіндзьо — це залізничний вузол на півночі префектури Ямагата і північна кінцева станція Yamagata Shinkansen. У місті є одна головна пасажирська залізнична станція, Shinjo Station, яку обслуговує JR East. Її залізнична роль визначається точкою перетину сервісів Tsubasa стандарту Shinkansen, лінії Ou Main Line та регіональних ліній через внутрішній Тохоку.
Залізничні рейси з Шіндзьо включають поїзди Tsubasa, що курсують коридором Yamagata Shinkansen, регіональні поїзди Ou Main Line на південь через префектуру Ямагата і на північ у бік префектури Акіта, а також місцеві рейси на Rikuu East Line. Shinjo Station обслуговує як далекі поїзди з місцями за резервацією, так і місцеві поїзди, що робить її ключовою станцією для квитків на потяг у районі Могамі.
Залізничні маршрути зі Шіндзьо прямують на південь у бік Ямагати, Фукусіми, Уцуномії та Токіо, на північ у бік Юдзави та Акіти, а на схід у бік Naruko-Onsen і Furukawa для сполучень у Тохоку. Поїзди до Шіндзьо також обслуговують місцеві громади на півночі Ямагати. Бронюйте поїзди з і до Шіндзьо онлайн на Rail Monsters.