Ямагуті — це залізничний вузол у західній частині Хонсю, розташований між залізничними коридорами Кансай, Тюґоку та Кюсю. У місті є дві ключові пасажирські станції: Сін-Ямагуті для далеких поїздок і станція Ямагуті для регіонального доступу до центру міста. JR West обслуговує основні напрямки, зокрема поїзди Саньо Сінкансен на Сін-Ямагуті та місцеві лінії по всій префектурі Ямагуті.
Залізничні рейси з Ямагуті включають високошвидкісні відправлення Саньо Сінкансен, регіональні поїзди на лініях Ямагуті, Саньо-Майн та Убе, а також місцеві сполучення в бік прибережних і внутрішніх районів префектури. Сін-Ямагуті є головною залізничною станцією для міжміського та високошвидкісного сполучення, тоді як станція Ямагуті обслуговує регіональні поїзди лінії Ямагуті.
Залізничні маршрути з Ямагуті прямують на схід до Хіросіми, Окаями, Кобе, Кіото та Осаки, на захід до Кокури та Фукуоки, на північ через лінію Ямагуті до Цуувано й Масуди, а на південь — до Убе та прибережних громад. Бронюйте поїзди з Ямагуті та до Ямагуті онлайн на Rail Monsters.