Йокогама є одним із найзавантаженіших залізничних вузлів у Токійській агломерації та ключовим пунктом пересадки між центральним Токіо, префектурою Канагава та коридором Tokaido. У місті є два головні далекі залізничні пункти: станція Йокогама для рейсів JR East, Keikyu, Tokyu та Sotetsu, і станція Shin-Yokohama для поїздів Tokaido Shinkansen компанії JR Central.
Залізничні рейси з Йокогами включають відправлення швидкісних поїздів зі станції Shin-Yokohama, регіональні та міські рейси JR East зі станції Йокогама, приватні залізничні сполучення в напрямку Токіо та Канаґави, а також потяги Keikyu, що пов’язують Йокогаму з аеропортом Ханеда. Shin-Yokohama є головною станцією для міжміських квитків на швидкісні поїзди, тоді як станція Йокогама обслуговує ширший спектр регіональних та аеропортових залізничних сполучень.
Залізничні маршрути з Йокогами прямують на північ до Токіо, Сінаґави та Сібуї, на захід уздовж Tokaido Shinkansen до Нагої, Кіото та Осаки, на південь до Камакури та півострова Міура, а на південний захід до Одавари та району Ідзу. Бронюйте потяги до Йокогами та з Йокогами онлайн на Rail Monsters.