Коїмбра розташована на головній північно-південній залізничній осі Португалії між Лісабоном і Порту, що робить її важливою зупинкою на національній мережі CP. Місто обслуговують дві пасажирські станції: Coimbra-B на Північній лінії для далекого сполучення та станція Coimbra в центрі міста для місцевих і регіональних маршрутів. Така пара станцій надає Коїмбрі чітку роль залізничного вузла центральної Португалії, а не кінцевого міста.
Потяги з Коїмбри включають рейси Alfa Pendular, потяги Intercidades, InterRegional і Regional, а також місцеві поїзди CP між Coimbra-B та станцією Coimbra. Coimbra-B є головною станцією для квитків на далекі поїзди, тоді як станція Coimbra використовується для доступу до центру міста та коротших поїздок у межах місцевої мережі. Наразі Португалія не має швидкісного залізничного сполучення через Коїмбру, але Alfa Pendular є найшвидшим традиційним далеким рейсом на цьому маршруті.
Залізничні маршрути з Коїмбри прямують на південь до Лісабона, Сантарена та сполучення з Алгарве, на північ до Авейру, Порту, Браги та Гімарайнша, а також регіонально до Фігейра-да-Фош і міст уздовж коридору Мондегу. Бронюйте поїзди з Коїмбри та до Коїмбри онлайн на Rail Monsters.