函馆是北海道南部的主要铁路枢纽,位于该岛南端,靠近通往本州的青函铁路通道。市区内有多个实用的客运车站,其中以函馆站负责普通铁路服务,新函馆北斗站则位于附近,提供北海道新干线服务。JR北海道是主要运营商,渡岛海滨铁道则运营前往木古内方向的海岸线路。
从函馆出发的列车包括往返北海道各地的北斗号特急列车、函馆地区的JR北海道普通列车、连接新干线车站的函馆Liner,以及渡岛海滨铁道的区域服务。新函馆北斗是前往函馆的高速铁路出入口,而函馆站仍是市中心的主要火车站。
从函馆出发的铁路线路向北通往大沼公园、森、长万部和札幌,向东穿越北海道南部,向南经由木古内和青函隧道通往青森、仙台和东京。可在 Rail Monsters 在线预订往返函馆的火车票。