鹿儿岛是九州新干线在南端的铁路终点,也是 JR 九州在日本南部的重要枢纽。该市有两座主要客运车站:作为主要长途列车站的鹿儿岛中央站,以及更靠近老港口铁路走廊、规模较小的区域性停靠站鹿儿岛站。这一定位使鹿儿岛成为九州新干线列车的南端终点。
从鹿儿岛出发的列车包括自鹿儿岛中央站向北运行的九州新干线、覆盖九州南部的特急列车,以及区域线路上的 JR 九州普通列车。鹿儿岛中央站承担大多数长途铁路车票业务,而鹿儿岛站主要服务于市内铁路区域内的本地和区域出行。鹿儿岛机场没有直达机场铁路,因此铁路乘客通常需要在机场与鹿儿岛中央站之间通过公路换乘。
从鹿儿岛出发的列车向北可前往熊本、博多和新大阪,向东可前往宫崎,向南可沿指宿枕崎线前往指宿。区域列车也连接雾岛和萨摩半岛周边地区。可在 Rail Monsters 在线预订往返鹿儿岛的列车。