敦贺是福井县的重要铁路枢纽,也是目前北陆新干线的西端终点。该市只有一个主要的长途列车车站——敦贺站,JR西日本的高速列车在这里与特急及地区列车衔接。随着北陆新干线延伸,敦贺的铁路角色发生了显著变化,成为东京方向高速列车与开往日本西部的传统特急列车之间的换乘点。
从敦贺出发的服务包括北陆新干线列车、开往京都和大阪走廊的Thunderbird特急列车、开往米原和名古屋走廊的白鹭特急列车、Hapi-Line Fukui地区列车,以及JR西日本小滨线普通列车。敦贺站是购买长途火车票的主要车站,而市内的地方停靠站仅负责区域出行。
从敦贺出发的铁路线路向东和向北通往福井、金泽、富山和东京;向南通往京都和大阪;向东南通往米原和名古屋;向西沿小滨线通往小滨和东舞鹤。可在 Rail Monsters 在线预订往返敦贺的列车。