Hakodate ist der wichtigste Bahnknoten in Süd-Hokkaido und liegt am südlichen Ende der Insel nahe dem Seikan-Bahnkorridor nach Honshu. Das Stadtgebiet verfügt über mehrere nützliche Personenbahnhöfe, angeführt vom Hakodate Station für den konventionellen Bahnverkehr und dem nahe gelegenen Shin-Hakodate-Hokuto Station für Hokkaido-Shinkansen-Verbindungen. JR Hokkaido ist der Hauptbetreiber, während die Donan Isaribi Railway die Küstenstrecke in Richtung Kikonai bedient.
Zu den Zügen ab Hakodate gehören Limited Express Hokuto-Verbindungen durch Hokkaido, lokale JR-Hokkaido-Züge im Oshima-Gebiet, die Hakodate-Liner-Verbindung zum Shinkansen-Bahnhof sowie regionale Verbindungen der Donan Isaribi Railway. Shin-Hakodate-Hokuto ist der Hochgeschwindigkeitszugang für Hakodate, während Hakodate Station der wichtigste Bahnhof für das Stadtzentrum bleibt.
Bahnstrecken ab Hakodate führen nach Norden in Richtung Onuma-Koen, Mori, Oshamambe und Sapporo, nach Osten durch Süd-Hokkaido und nach Süden über Kikonai und den Seikan-Tunnel in Richtung Aomori, Sendai und Tokyo. Buchen Sie Züge von und nach Hakodate online bei Rail Monsters.