Honjo se encuentra en el norte de la prefectura de Saitama, sobre corredores ferroviarios de JR East que conectan el área de Tokio con Takasaki y la prefectura de Niigata. La ciudad cuenta con dos estaciones principales para pasajeros: Honjo Station, en la línea convencional Takasaki, y Honjo-Waseda Station, en el Joetsu Shinkansen. Esto proporciona a Honjo acceso regional por Saitama y Gunma, así como acceso ferroviario de alta velocidad en el eje Tokio - Niigata.
Los trenes desde Honjo incluyen servicios de la línea Takasaki de JR East que utilizan Honjo Station y servicios del Joetsu Shinkansen con parada en Honjo-Waseda Station. La línea convencional se utiliza para servicios locales y rápidos hacia el área de Tokio y Takasaki, mientras que la estación del Shinkansen gestiona servicios de larga distancia con asiento reservado en determinados trenes Toki y Tanigawa. Honjo no tiene conexión ferroviaria directa con el aeropuerto, por lo que los viajes al aeropuerto requieren un transbordo en estaciones más grandes del área de Tokio.
Las rutas ferroviarias desde Honjo se dirigen al sureste hacia Omiya, Ueno, Tokio y conexiones del área de Yokohama, al noroeste hacia Takasaki y transbordos del área de Maebashi, y al norte por el corredor del Shinkansen hacia Echigo-Yuzawa y Niigata. Reserve trenes desde y hacia Honjo en línea en Rail Monsters.