Iiyama es un nudo ferroviario en el norte de la prefectura de Nagano, en el corredor del Hokuriku Shinkansen entre Tokio y la vertiente del mar del Japón de Honshu. La ciudad cuenta con una única estación principal de pasajeros, Iiyama Station, servida por los servicios Shinkansen de JR East y servicios regionales. Su papel es menor que el de Nagano Station, pero importante para el acceso ferroviario al norte de Nagano y al valle del río Chikuma.
Los trenes desde Iiyama incluyen servicios del Hokuriku Shinkansen en el eje Tokio - Kanazawa y servicios locales de JR East en la Iiyama Line. Iiyama Station gestiona tanto viajes Shinkansen de larga distancia con asiento reservado como trayectos ferroviarios regionales por las prefecturas de Nagano y Niigata. La ciudad no tiene una conexión ferroviaria directa con el aeropuerto, por lo que los viajes aéreos suelen requerir un transbordo en nudos ferroviarios mayores como Nagano o Tokio.
Las rutas desde Iiyama van hacia el sur en dirección a Nagano y el corredor de Tokio, hacia el noroeste en dirección a Joetsumyoko, Toyama y Kanazawa, y a lo largo de la Iiyama Line hacia Togari-Nozawaonsen, Tokamachi y Echigo-Kawaguchi. Reserve trenes desde y hacia Iiyama en línea en Rail Monsters.