Kikonai es una parada ferroviaria clave en el sur de Hokkaido, situada entre el corredor del Túnel de Seikan y el área de Hakodate. La ciudad tiene un principal centro ferroviario de pasajeros, la estación de Kikonai, servido por JR Hokkaido en el Hokkaido Shinkansen y por South Hokkaido Railway en la línea Isaribi. Esto convierte a Kikonai en uno de los pocos lugares de Hokkaido donde se encuentran los trenes Shinkansen y los servicios ferroviarios costeros locales.
Los servicios desde Kikonai incluyen trenes Shinkansen Hayabusa y Hayate en la ruta que enlaza Hokkaido con el norte de Honshu, además de trenes locales de la línea Isaribi hacia Goryokaku y Hakodate. La estación de Kikonai es la estación utilizada tanto para los servicios de larga distancia con asiento reservado como para los viajes regionales por el sur de Oshima.
Las rutas ferroviarias desde Kikonai se dirigen al norte hacia Shin-Hakodate-Hokuto y la red más amplia de Hokkaido, al sur a través del Túnel de Seikan hacia Shin-Aomori, Morioka, Sendai y Tokio, y al este por la línea Isaribi hacia Hakodate. Reserve trenes desde y hacia Kikonai en línea en Rail Monsters.