Minamata es un centro ferroviario en el sur de la prefectura de Kumamoto, en la costa oeste de Kyushu. La ciudad cuenta con dos principales estaciones de pasajeros: la estación Shin-Minamata para el Kyushu Shinkansen y la estación Minamata para los servicios regionales de Hisatsu Orange Railway. JR Kyushu y Hisatsu Orange Railway conectan Minamata con la red ferroviaria más amplia de Kyushu.
Los trenes desde Minamata incluyen servicios del Shinkansen de JR Kyushu en Shin-Minamata, que dan a la ciudad acceso directo al corredor de alta velocidad entre Fukuoka, Kumamoto y Kagoshima. Los trenes de Hisatsu Orange Railway utilizan la estación Minamata y también paran en Shin-Minamata, enlazando las comunidades costeras entre Yatsushiro y Satsumasendai. El trayecto local entre la estación Minamata y Shin-Minamata se realiza con la misma línea regional.
Las rutas ferroviarias desde Minamata van al norte hacia Yatsushiro, Kumamoto y Hakata, y al sur hacia Izumi, Sendai y Kagoshima-Chuo. Los trenes regionales recorren la costa a través de localidades de las prefecturas de Kumamoto y Kagoshima, mientras que los servicios de tren bala conectan Minamata con importantes ciudades de Kyushu. Reserva trenes desde y hacia Minamata online en Rail Monsters.