Niigata es la terminal norte del Joetsu Shinkansen y el principal centro ferroviario de la prefectura de Niigata en la costa japonesa del mar de Japón. La ciudad está servida por JR East, y la estación de Niigata atiende servicios de Shinkansen, expresos limitados y servicios regionales. El papel ferroviario de Niigata se centra en conectar el corredor de Tokio con rutas costeras y del interior por todo el norte de Honshu.
Los trenes desde Niigata incluyen servicios Toki Shinkansen en el Joetsu Shinkansen, trenes expresos limitados Inaho a lo largo de la línea principal Uetsu, servicios expresos limitados Shirayuki hacia la conexión de Hokuriku, y trenes locales de JR East en la línea principal Shinetsu, la línea Echigo, la línea Hakushin y la línea Banetsu West. La estación de Niitsu, dentro de la ciudad de Niigata, es un importante nudo regional para las líneas del interior.
Las rutas ferroviarias desde Niigata van hacia el sur a Tokio, Omiya y Nagaoka, hacia el oeste a Kashiwazaki y la zona de Joetsu, hacia el norte a lo largo de la costa hasta Sakata y Akita, y hacia el interior a Aizuwakamatsu en la línea Banetsu West. Se pueden reservar billetes de tren para servicios JR East de larga distancia y regionales. Reserva trenes desde y hacia Niigata en línea en Rail Monsters.