Yamagata es un centro ferroviario regional en la región de Tohoku en Japón, situado en el corredor del Yamagata Shinkansen entre Fukushima y Shinjo. La ciudad cuenta con una estación principal de trenes de larga distancia, Yamagata Station, con estaciones locales de apoyo que incluyen Kita-Yamagata. JR East opera los servicios interurbanos, regionales y vinculados al Shinkansen que dan servicio a Yamagata.
Los trenes desde Yamagata incluyen servicios Tsubasa en el Yamagata Shinkansen, trenes regionales en la Línea Principal Ou y servicios de la Línea Senzan a través de las montañas hacia la prefectura de Miyagi. Yamagata Station es la principal estación de tren para servicios reservados de larga distancia, conexiones locales y billetes de tren para viajar por el norte de Honshu. Kita-Yamagata gestiona trenes locales en la Línea Principal Ou, la Línea Senzan y la Línea Aterazawa.
Las rutas ferroviarias desde Yamagata van hacia el sur en dirección a Fukushima y el corredor de Tokio, hacia el norte en dirección a Tendo y Shinjo, hacia el este en dirección a Sendai y hacia el oeste en dirección a Sagae y la zona de la Línea Aterazawa. Las principales ciudades de destino incluyen Tokio, Fukushima, Sendai, Shinjo, Yonezawa y Tendo. Reserva trenes desde y hacia Yamagata en línea en Rail Monsters.