Yokohama es uno de los centros ferroviarios más concurridos del área metropolitana de Tokio y un punto clave de transbordo entre el centro de Tokio, la prefectura de Kanagawa y el corredor del Tokaido. La ciudad cuenta con dos principales puntos ferroviarios de larga distancia: la estación de Yokohama para los servicios de JR East, Keikyu, Tokyu y Sotetsu, y la estación de Shin-Yokohama para los trenes Tokaido Shinkansen de JR Central.
Los servicios de tren desde Yokohama incluyen salidas de tren bala en Shin-Yokohama, servicios ferroviarios regionales y urbanos de JR East en la estación de Yokohama, servicios de ferrocarril privado hacia Tokio y Kanagawa, y trenes Keikyu que conectan Yokohama con el aeropuerto de Haneda. Shin-Yokohama es la principal estación de tren para billetes de tren bala interurbanos, mientras que la estación de Yokohama gestiona una gama más amplia de movimientos ferroviarios regionales y aeroportuarios.
Las rutas ferroviarias desde Yokohama van hacia el norte en dirección a Tokio, Shinagawa y Shibuya, hacia el oeste por el Tokaido Shinkansen hacia Nagoya, Kioto y Osaka, hacia el sur a Kamakura y la península de Miura, y hacia el suroeste a Odawara y la zona de Izu. Reserva trenes desde y hacia Yokohama online en Rail Monsters.