Zhubei es la principal ciudad ferroviaria del condado de Hsinchu y ocupa una posición inusual en la red de Taiwán: la ciudad cuenta tanto con una estación de Taiwan Railways en la Western Trunk Line como con la estación Hsinchu High Speed Rail dentro de sus límites. Taiwan Railways sirve al centro de Zhubei, mientras que Taiwan High Speed Rail utiliza la estación Hsinchu en el este de Zhubei para los trenes interurbanos de alta velocidad.
Los trenes desde Zhubei cubren dos patrones de servicio diferentes. Los trenes locales y regionales de Taiwan Railways paran en la estación de Zhubei para viajar por el corredor convencional de la costa oeste. Los trenes de alta velocidad de THSR pasan por la estación Hsinchu HSR para los trayectos norte-sur por el oeste de Taiwán. La estación Liujia, en la línea Liujia de Taiwan Railways, conecta la zona del HSR con la ciudad de Hsinchu por ferrocarril.
Las rutas ferroviarias desde Zhubei van hacia el norte a Taoyuan, Banqiao, Taipéi y Nangang, hacia el sur a Miaoli, Taichung, Chiayi, Tainan y Zuoying, y hacia el oeste a la ciudad de Hsinchu en los servicios de Taiwan Railways. No hay una estación ferroviaria directa para el aeropuerto en Zhubei, pero las conexiones ferroviarias hacia Taoyuan enlazan con el transporte al aeropuerto. Reserva trenes desde y hacia Zhubei en línea en Rail Monsters.