Yatsushiro est un nœud ferroviaire dans le sud de la préfecture de Kumamoto, situé entre le corridor du Kyushu Shinkansen et les lignes régionales le long de la mer de Yatsushiro. La ville compte deux principales gares voyageurs : Shin-Yatsushiro pour les services de trains à grande vitesse et la gare de Yatsushiro pour le rail régional. JR Kyushu et Hisatsu Orange Railway sont les principaux exploitants desservant la ville.
Les trains au départ de Yatsushiro comprennent les services Kyushu Shinkansen à Shin-Yatsushiro, les services locaux et régionaux de JR Kyushu à la gare de Yatsushiro, ainsi que les trains Hisatsu Orange Railway circulant vers le sud le long de la côte. Shin-Yatsushiro est la principale gare pour les billets de train longue distance, tandis que la gare de Yatsushiro gère les correspondances ferroviaires locales et les transferts vers la ligne Orange Railway.
Les itinéraires ferroviaires au départ de Yatsushiro vont vers le nord en direction de Kumamoto, Kurume et Fukuoka, vers le sud en direction de Sendai et Kagoshima-Chuo, et vers le sud-ouest le long du corridor côtier en direction de Minamata et Izumi. Les trains à destination de Yatsushiro utilisent Shin-Yatsushiro pour le Shinkansen et la gare de Yatsushiro pour les arrivées régionales. Réservez en ligne des trains au départ et à destination de Yatsushiro sur Rail Monsters.