Coimbra se situe sur le principal axe ferroviaire nord-sud du Portugal entre Lisbonne et Porto, ce qui en fait un arrêt important du réseau national CP. La ville est desservie par deux gares voyageurs : Coimbra-B sur la ligne Nord pour les trains longue distance, et la gare de Coimbra dans le centre-ville pour les correspondances locales et régionales. Ce duo de gares confère à Coimbra un rôle clair de pôle ferroviaire du centre du Portugal plutôt que de ville terminus.
Les trains au départ de Coimbra comprennent les services Alfa Pendular, Intercidades, InterRegional et Regional, ainsi que des trains CP locaux entre Coimbra-B et la gare de Coimbra. Coimbra-B est la principale gare pour les billets de train longue distance, tandis que la gare de Coimbra est utilisée pour l'accès au centre-ville et les trajets plus courts au sein du réseau local. Le Portugal n'exploite pas actuellement de ligne à grande vitesse à travers Coimbra, mais Alfa Pendular est le service longue distance conventionnel le plus rapide sur cet itinéraire.
Les lignes ferroviaires depuis Coimbra partent vers le sud en direction de Lisbonne, Santarem et la correspondance pour l'Algarve, vers le nord en direction d'Aveiro, Porto, Braga et Guimaraes, et à l'échelle régionale vers Figueira da Foz et les villes de la vallée du Mondego. Réservez en ligne vos trains au départ et à destination de Coimbra sur Rail Monsters.