Aomori si trova all'estremità settentrionale della rete ferroviaria di Honshu in Giappone, dove i servizi Shinkansen collegano il corridoio del Tohoku con Hokkaido. La città ha due principali stazioni passeggeri: Shin-Aomori per l'alta velocità e Aomori Station per i servizi regionali più vicini al centro città. JR East, JR Hokkaido e Aoimori Railway servono tutti l'area di Aomori.
I treni da Aomori includono i servizi Hayabusa Shinkansen sulla Tohoku Shinkansen e sulla Hokkaido Shinkansen, i treni regionali JR East sulla Ou Main Line e sulla Tsugaru Line, e i treni della Aoimori Railway lungo il corridoio dell'ex Tohoku Main Line. Shin-Aomori è la principale stazione ferroviaria per i viaggi in treno ad alta velocità, mentre Aomori Station gestisce molte partenze locali e regionali.
Le tratte ferroviarie da Aomori vanno verso sud in direzione di Hachinohe, Morioka, Sendai e Tokyo, verso nord attraverso il Seikan Tunnel in direzione di Shin-Hakodate-Hokuto in Hokkaido, e verso ovest in direzione di Hirosaki sui servizi regionali JR East. Prenota online i treni da e per Aomori su Rail Monsters.