Hakodate è il principale hub ferroviario del sud di Hokkaido, situato all'estremità meridionale dell'isola vicino al corridoio ferroviario Seikan verso Honshu. L'area della città dispone di diverse stazioni passeggeri utili, guidate dalla Hakodate Station per i servizi ferroviari convenzionali e dalla vicina Shin-Hakodate-Hokuto Station per i servizi Hokkaido Shinkansen. JR Hokkaido è il principale operatore, mentre la Donan Isaribi Railway serve la linea costiera verso Kikonai.
I treni da Hakodate includono i servizi Limited Express Hokuto in tutto Hokkaido, i treni locali JR Hokkaido nell'area di Oshima, il collegamento Hakodate Liner con la stazione dello Shinkansen e i servizi regionali della Donan Isaribi Railway. Shin-Hakodate-Hokuto è il punto di accesso ferroviario ad alta velocità per Hakodate, mentre Hakodate Station rimane la principale stazione ferroviaria del centro città.
Le linee ferroviarie da Hakodate si dirigono a nord verso Onuma-Koen, Mori, Oshamambe e Sapporo, a est attraverso il sud di Hokkaido e a sud via Kikonai e il tunnel Seikan verso Aomori, Sendai e Tokyo. Prenota online i treni da e per Hakodate su Rail Monsters.