Honjo si trova nel nord della prefettura di Saitama, lungo i corridoi ferroviari JR East che collegano l'area di Tokyo con Takasaki e la prefettura di Niigata. La città ha due principali stazioni passeggeri: Honjo Station sulla linea convenzionale Takasaki e Honjo-Waseda Station sulla Joetsu Shinkansen. Questo offre a Honjo sia un accesso regionale attraverso Saitama e Gunma sia un accesso ferroviario ad alta velocità sull'asse Tokyo - Niigata.
I treni da Honjo includono i servizi JR East della Takasaki Line che utilizzano Honjo Station e i servizi Joetsu Shinkansen che effettuano fermata a Honjo-Waseda Station. La linea convenzionale viene usata per servizi locali e rapidi verso l'area di Tokyo e Takasaki, mentre la stazione Shinkansen gestisce servizi a lunga percorrenza con posto riservato su alcuni treni Toki e Tanigawa. Honjo non ha un collegamento ferroviario diretto con l'aeroporto, quindi i viaggi aeroportuali richiedono un cambio in stazioni più grandi dell'area di Tokyo.
Le tratte ferroviarie da Honjo si dirigono a sud-est verso Omiya, Ueno, Tokyo e i collegamenti dell'area di Yokohama, a nord-ovest verso Takasaki e i trasferimenti dell'area di Maebashi, e a nord lungo il corridoio Shinkansen verso Echigo-Yuzawa e Niigata. Prenota online i treni da e per Honjo su Rail Monsters.